Jedną z głównych ozdób krakowskiej fary jest imponujący, zróżnicowany zespół przeszkleń witrażowych. Najstarsze witraże, ulokowane w trzech oknach prezbiterium, powstały w 2. połowie XIV wieku. Ich obecny zasób, liczący ponad 100 kwater, stanowi największy zespół średniowiecznego malarstwa witrażowego w Polsce. Jego centralnym wątkiem jest tzw. cykl Biblii pauperum, będący odwzorowaniem niezwykle popularnych w późnym średniowieczu kodeksów słowno-obrazowych, których zadaniem było tłumaczenie związków między Starym i Nowym Testamentem. Pozostałe ozdobne przeszklenia kościoła, wykonane pod koniec XIX i w 1. połowie XX stulecia pod wieloma względami nawiązują do stylistyki i ikonografii średniowiecznej, harmonizując z formami stylowymi architektury i jej wiekowych elementów wystroju. Jednym z nich jest wielokwaterowy witraż zdobiący wielkie okno fasady, zaprojektowany przez dwóch najwybitniejszych twórców witrażu okresu Młodej Polski – Stanisława Wyspiańskiego i Józefa Mehoffera, wówczas jeszcze studentów.